Aparece por primera vez en la historia de la Edad Media en los documentos del Monasterio de Leire (1098) y en la Catedral de Pamplona (s. XII), se detalla en el Libro Redondo de la Catedral la donación de una casa con hacienda en Noáin al Obispo y su Catedral; testigos Sancho Petit, abad de Noáin y Andregoto Sanoiz de Noáin.

Aunque son pocas las referencias escritas de esta época, podemos confirmar la consolidación de una aldea unida a los destinos del Valle de Elorz; la Merindad de Sangüesa y el Reino de Navarra.

De la Edad Moderna destacamos la famosa batalla de Noáin de 1521, en la que es abatido el ejército que apoyaba la acción agramontesa. A partir de la Navarra queda anexionada a la futura corona de España y separada de la influencia francesa. En los siglos XVIII y XIX irrumpe de nuevo con las guerras de Sucesión, Independencia y Carlista, siendo saqueado y arruinado varias veces el pueblo.

Sin duda ninguna el siglo XX es el que más cambios ha realizado en su estructura social y económica. En casi todos los pueblos del valle podemos ver el entramado de las calles y casas construidas en siglos anteriores; en cambio en Noáin, debido a la revolución industrial de los 50-60 y los medios de comunicación que la atraviesan, han multiplicado por diez su población respecto a la que tenía a principios de siglo, alcanzado hoy el 85% de la población total del valle.

A causa de este desarrollo desproporcionado respecto al valle, cambia la capital de Zabalegui a Noáin. La concentración de todos los servicios, principalmente educativos y sanitarios, marcará definitivamente los destinos del valle con su nueva capital.

A mediados del siglo pasado Noáin tenía 11 casas con 85 habitantes; en menos de un siglo, hacia 1960 , contaba ya con 400 habitantes y en la actualidad sobrepasan los 4.000, con un número significativo de habitantes sin censar.